財産評価基本通達の定めにより難しい場合の評価とは、財産評価基本通達第1章第6項のことをいいます。同項では、「この通達の定めによって評価することが著しく不適当と認められる財産の価額は、国税庁長官の指示を受けて評価する」と規定しています。
相続財産評価の原則について
相続税法第22条では、相続、遺贈又は贈与により取得した財産の価額は、当該財産の取得の時における時価により評価すると規定しています。従って、相続財産評価は取得時の時価により行うことが原則となります。
また、相続財産基本通達第1章第1項（2）において、時価とは、相続税基本通達に従って
評価した価額とする、と規定されています。よって、相続財産基本通達の規定により評価を行なえば、その評価結果が時価となります。さらに、同通達において、時価とは「不特定多数の当事者間で自由な取引が行われる場合に通常成立すると認められる価額」とされています。
財産評価基本通達による評価と時価のかい離について
しかし、「不特定多数の当事者間で自由な取引が行われる場合に通常成立すると認められる価額」であるところの時価と、相続財産基本通達の規定に従って計算された時価がかい離する場合もあります。
例えば、タワーマンションの専有部分を購入したような場合には、タワーマンションの取得価額（自由な取引における時価）と、相続財産基本通達の規定に従って計算された時価
（固定資産税評価額×1.0倍）が大きくかい離する傾向があります。
タワーマンションの場合、建物全体に対する1人当たり持分が少ないため、固定資産税評価額が低額になる傾向があります。また、特に中高層階の眺望のよい場所にあるマンションは、時価が高くなる傾向がありますが、固定資産税評価の際には、こういった眺望による資産価額の上昇分は反映されません。
上記のような理由で、時価（取得価額）と相続税評価額が大きくかい離すると、適切な相続財産評価が行われず、このかい離を利用した相続税逃れが問題となります。
財産評価基本通達第1章第6項の役割について
自由な取引における時価と財産評価基本通達による評価額とは、一致する建前となっていますが、実際には、タワーマンションの例のように、かい離する場合もあります。そうすると、相続税の適切な課税に支障が出る場合があります。
このような場合、財産評価基本通達第1章第6項があれば、国税長官は、相続税の納税義務者に対して、相続財産に対する財産評価基本通達による評価額を行わず、より適切な方法によって評価すべきと指示することができます。
