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法人税法だけでなく、相続税法にも、行為計算否認の規定は存在します。

相続税法第64条1項（同族会社等の行為又は計算の否認等）
「同族会社等の行為又は計算で、これを容認した場合においてはその株主若しくはその社員又はその親族その他これらの者と政令で定める特別の関係がある者の相続税又は贈与税の負担を不当に減少させる結果となると認められるものがあるときは、税務署長は、相続税又は贈与税についての更正又は決定に際し、その行為又は計算にかかわらず、その認めるところにより、課税価格を計算することができる」

同族会社を利用した契約等により、その株主等である被相続人の相続人の相続税を不当に減少させる結果となると認められる場合には、税務署長は、その契約等を否認して課税価格を計算することができるため、留意が必要です。

例えば、この規定が適用された事例として、大阪地裁（平成12年5月12日判決）の判決があります。

【概要】
相続人が設立し、役員である同族会社と、被相続人との間で、次のような契約を締結していました。
「被相続人所有の土地につき、駐車場事業の用に供する目的で、地代を年額3,684万円、存続期間を60年とする地上権を設定する」

相続人は当該土地につき、相続税法23条の地上権割合90％を控除したうえで、相続税申告を行っていました。しかし、同族会社は、この高額な地代の支払いの結果、大幅な営業損失を生じており、裁判所は、契約は経済的観点から不自然、不合理であり、相続税を不当に減少させる結果となっていると認定しました。その結果、税務署長は更正に際し、この地上権設定契約を否認し、「相当の地代を支払っている場合等の借地権等についての相続税及び贈与税の取扱いについて」通達の6条1項に基づき、更地価額に80%を乗じて課税価格を計算し、裁判所はこれができることを認定しました。