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請求人は、令和元年分の所得税及び復興特別所得税（以下「所得税等」という。）の確定申告書を、法定申告期限までに提出した。

なお、請求人は、上記確定申告書に添付した株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書の「1　所得金額の計算」の「上場株式等」の各欄において、「譲渡による収入金額」の①欄に本件年間取引報告書の「譲渡の対価の額（収入金額）」欄に記載された○○○○円、「取得費（取得価額）」の④欄に本件年間取引報告書の「取得費及び譲渡に要した費用の額等」欄に記載された○○○○円、⑥欄を「みなし取得費と取得原価との差額」とした上で、16,642,279円（以下「本件差額」という。）とそれぞれ記載し、令和元年分の上場株式等の譲渡所得の金額を計算した。

また、本件差額は、本件譲渡株式の譲渡価額（439,539,580円）を基礎として算出した概算取得費から本件譲渡株式の実際の取得価額を控除した後の金額である。

本件譲渡株式は、金融商品取引所に上場し、本件特定口座に保管の委託等がされていた株式であるから、その譲渡は、「特定口座内保管上場株式等の譲渡」（措置法第37条の11の3第1項）に該当する。そして、措置法第37条の11の5第1項の規定からすれば、請求人は、その選択により、源泉徴収選択口座に係る本件譲渡株式の譲渡による譲渡所得の金額を除外せずに確定申告をすることもでき、請求人の申告は、これに従ったものといえる。

このような請求人の申告における本件譲渡株式の譲渡所得の金額の計算上取得費に算入する金額について、概算取得費を取得費とすることの可否に関しては、特定口座制度創設の経緯及び当該制度に関する法令等の各規定等を踏まえた検討が必要になる。

※関係法令等：国税不服審判所ＨＰ

• イ　特定口座制度が創設された経緯等

  特定口座制度は、株式等の譲渡益課税について、平成15年1月1日以降、源泉分離選択課税制度が廃止され、申告分離課税に一本化されたことに伴い、申告分離課税になじみのなかった個人投資家の申告事務の負担軽減の観点から創設された制度であり、金融商品取引業者等に開設した特定口座を通じて行われる一定の上場株式等の譲渡に係る所得金額の計算・源泉徴収・申告不要等の各特例から構成されている。

• ロ　特定口座制度に係る各規定

  特定口座は、居住者が金融商品取引業者等との間で上場株式等保管委託契約を締結して開設する口座であり（措置法第37条の11の3第3項第1号）、既に開設された特定口座に新たに受け入れることのできる上場株式等は、原則として、その特定口座において行われた取引により取得した上場株式等に限られるものとされている（同項第2号イ）。
  その例外の一つとして、上場株式等以外の株式等で、その株式等の上場等の日の前日において居住者が有する当該株式等と同一銘柄の株式等の全てを、その上場等の日に特定口座に受け入れるもの（ただし、当該居住者が当該株式等の取得の日及び取得に要した金額を証する書類その他の書類を提出した場合に限る。）についても、既に開設された特定口座に新たに受け入れることができるとされている（同号ハ及び措置法施行令第25条の10の2第14項第17号）。

  そして、金融商品取引業者等が特定口座で受け入れた上場株式等である特定口座内保管上場株式等を、居住者が同口座内で譲渡した場合には、その譲渡による譲渡所得の金額は、当該特定口座内保管上場株式等以外の株式等の譲渡による譲渡所得の金額と区分して計算し（措置法第37条の11の3第1項。以下、この計算方法を「区分計算」という。）、居住者が特定口座を複数有する場合には、それぞれの特定口座ごとに計算することとされている（措置法施行令第25条の10の2第1項前段）。

• その上で、特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額の計算上取得費に算入する金額の計算に当たっては、2回以上にわたって取得した同一銘柄の株式等の取得費については、所得税法施行令第105条第1項第1号に掲げる総平均法に準ずる方法により計算するとされているところ（所得税法第48条第3項及び所得税法施行令第118条第1項）、同一銘柄の上場株式等のうちに特定口座内保管上場株式等と当該特定口座内保管上場株式等以外の上場株式等とがある場合には、これらの上場株式等については、それぞれその銘柄が異なるものとするほか（措置法施行令第25条の10の2第1項第2号）、一の特定口座において一の日に２回以上にわたって同一銘柄の特定口座内保管上場株式等の譲渡があった場合には、当該一の日におけるこれらの譲渡については、これらの譲渡のうち最後の譲渡の時にこれらの譲渡があったものとみなして、所得税法施行令第118条の規定を適用するとされている（措置法施行令第25条の10の2第1項第3号）。

  また、特定口座内の取引に係る所得については、居住者において、源泉徴収を選択することも可能であり（措置法第37条の11の4第1項）、源泉徴収を選択した場合には、上場株式等に係る譲渡所得の金額の計算上、源泉徴収選択口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額を除外して申告をすることができるとされている（措置法第37条の11の5第1項）。

• ハ　特定口座制度に係る各規定の解釈

  上記イ及びロからすると、特定口座制度は、特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額に係る区分計算の特例と、特定口座においてした上場株式等の譲渡による所得に係る源泉徴収や申告不要の特例等とが相まって、個人投資家の所得計算や申告手続に係る負担軽減の基礎となっている制度であるといえ、このような特定口座制度の下においては、特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額の計算上取得費に算入する金額は、その特定口座内における上場株式等の受入れに係る記録を基礎として、金融商品取引業者等において、特定口座内保管上場株式等に関する固有の計算方法により一元的に計算することが予定されているというべきである。

  そして、居住者が特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得について源泉徴収を選択し、源泉徴収選択口座において生じた譲渡所得の金額を申告することを選択した場合における取得費の計算方法に関して法令が上記ロ以外に別段の規定を設けていない以上、上記解釈はかかる場合にも妥当し、上記ロの各規定と異なる方法による取得費の計算は予定されていないもの、換言すれば、法は、源泉徴収選択口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額を申告するに当たり、居住者において同所得の金額の計算上取得費に算入する金額の計算をすることを予定していないものと解するのが相当である。

• ニ　措置法通達等の定めについて

  以上の解釈を踏まえれば、措置法通達37の11の3－14が、概算取得費による取得費を認める旨を定めた措置法通達37の10・37の11共－13を準用していないことは、特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額の計算に当たり、概算取得費を取得費とすることを認めない趣旨であると解するのが相当であって、この理は、上記ハで述べた、法は、源泉徴収選択口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額を申告するに当たり、居住者において同所得の金額の計算上取得費に算入する金額の計算をすることを予定していないとの解釈に沿うもので、当審判所においても相当と認められる。

  また、所得税基本通達38－16は、措置法通達37の10・37の11共－13と同様に、土地建物等以外の資産の譲渡による譲渡所得の金額の計算上、概算取得費による取得費を認める旨定めているが、措置法通達における準用についての上記検討によれば、上記所得税基本通達の定めが源泉徴収選択口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得について申告をする場合において適用されると解することはできないというべきである。

請求人は、

①源泉徴収選択口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡所得の金額を申告するに当たり、租税特別措置法第37条の11の3《特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例》第1項が特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額とそれ以外の株式等の譲渡による譲渡所得の金額とを区分して、これらの金額を計算する旨規定したのは、特定口座創設の趣旨等からすれば、投資家の所得計算の負担を軽減するために金融商品取引業者等が計算を代行したにすぎないから、納税者が確定申告において取得費等を含めて譲渡所得の金額を再計算することができる。

②租税特別措置法関係通達（措置法通達）37の11の3－14《株式等に係る譲渡所得等の課税の特例に関する取扱い等の準用》は計算代行者である金融商品取引業者等の計算等に関する定めであって、納税者が概算取得費を譲渡所得に係る取得費として譲渡所得の金額を計算することは妨げられない。

以上をそれぞれ主張する。

しかしながら、

①特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額の計算上取得費に算入する金額は、当該上場株式等の特定口座への受入れに係る記録を基礎として金融商品取引業者等が固有の計算方法により一元的に計算することが予定されている。

②措置法通達37の11の3－14が、概算取得費による取得費を認める旨を定めた措置法通達37の10・37の11共－13《株式等の取得価額》を準用していないのは、特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額の計算に当たり、概算取得費を取得費とすることを認めない趣旨であると解すべきであるから、納税者が源泉徴収選択口座に係る特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得の金額を申告するに当たり、概算取得費を取得費とすることはできない。