2025年11月20日

相続税の税務調査における国税局と税務署の違いとは？元国税税理士が解説

相続税の申告後、「税務調査が不安」「国税局が関わってくるの？」と不安を感じる方は少なくありません。

実は、申告内容や財産規模によって、調査を担当する組織（税務署か国税局）や調査内容が変わります。

国税局は、大口、悪質、内容複雑で調査困難な相続税の調査を担当します。

本記事では、国税局と税務署の役割の違いから、AIが活用される最新の調査選定方法、そして国税局の調査の実態まで、国税OBの税理士がわかりやすく解説します。

この記事の目次 [表示]

1．国税局と税務署の役割の違い

1-1．国税庁の機構

国税庁の下に、全国12の国税局と524の税務署があります。

国税庁は、税務行政を執行するための企画・立案や税法解釈の統一を行い、国税局・税務署を指導・監督しています。

国税局は、管内の税務署を指導・監督するほか、税務相談などの納税者サービスの提供、大規模・広域・困難事案の税務調査や滞納処分などを行っています。

税務署は、納税者との窓口であり、第一線で税務調査や滞納処分を含む様々な国税事務を行っています。

〔イメージ〕

引用：国税庁「国税庁について」

1-2．国税局と税務署における相続税の調査対象の違い

国税局における相続税の調査担当部署（資産課税課、資料調査課、機動課等）は、大口、悪質、内容複雑で調査困難な相続税の調査を担当します。

税務署における相続税の調査担当部署（資産課税部門等）は、上記以外の相続税の調査を担当します。

2．国税局における相続税調査の実施部署（主なもの）

国税局における相続税の調査の主な実施部署は、以下になります。

資産課税課
国税局資産課税課は、管内税務署の資産課税事務（相続税、贈与税、譲渡所得等）の指導・監督、資産課税（相続税、贈与税、譲渡所得等）に関する税法・通達の解釈や当てはめを主に担当。
また、社会的影響の大きい案件（相続税、贈与税、譲渡所得等）の調査や税務署の調査担当者の指導なども行います。
機動課
国税局機動課は、管内税務署の資産課税部門に職員を派遣し、署が行う相続税調査の支援や調査担当者の指導を行います。
資料調査（第二）課
大口、悪質、複雑で調査困難な相続税の調査を担当します。

3．税務署における相続税調査

税務署における相続税の調査担当は、以下になります。

特別国税調査官（総合調査担当）
所得税、法人税、相続税など複数税目にまたがる納税者（グループ）の調査を担当します。
特別国税調査官（資産税担当）
国税局や特別国税調査官（総合調査担当）が担当しない大口、複雑な相続税の調査を担当します。
機動官
税務署に配置され、広域、かつ、特命的な納税者に対する（相続税、贈与税、譲渡所得等の）調査や資料収集等を担当します。
資産課税部門（資産課税部門が設置されていない税務署においては資産税担当）
上記以外の納税者に対する（相続税、贈与税、譲渡所得等の）調査を担当します。

4．相続税の調査対象の選定方法

国税庁は、2025年の夏から実施する相続税の調査対象の選定に人工知能（ＡＩ）を活用しています。

ＡＩでの選定対象となるのは2023年に亡くなった方の相続税申告からです。

具体的には、相続税の申告書、一定規模以上の資産を持つ人が提出する財産債務調書、海外送受金を記録した資料、生命保険の一時金の支払調書、金地金を売却した際の支払調書などのデータ、過去に相続税の調査を行い申告漏れが生じた案件の不正や申告ミスが生じる傾向等を照合、ＡＩによる分析結果を各国税局に提供した上で、各国税局の調査部署や税務署が調査対象者を絞り込み選定します。

参考：2025年3月14日　日本経済新聞

5.国税局資料調査課における調査選定と調査

5-1．国税局資料調査課における調査選定

国税局資料調査課が行う調査選定と税務署資産課税部門が行う調査選定とで、行う作業に違いはありません。

ただし、国税局資料調査課が行う調査選定は、下記のような特徴があります。

担当者が調査に精通している。
複数の担当者が集中して選定を行う。
一次選定後、組織的に二次選定、三次選定が行われる。

5-2．国税局資料調査課における調査

国税局資料調査課が行う調査と税務署資産課税部門が行う調査とで、行う調査に違いはありません。

ただし、国税局資料調査課が行う調査は、以下のような特徴があります。

担当者の調査能力が高く、調査に精通している。
複数の担当者がチームとなって集中して調査を行う。
調査中にタイムリーな調査指揮を受けることから調査の精度が高い。
また、基本に忠実かつ綿密な証拠収集を行うことで、結果、納税者が修正申告の勧奨に応じなかったとしても、課税処分（更正処分）を行い得る立証が可能。

したがって、国税局資料調査課が行う調査は、世間一般で思われるよりも、地味でコツコツと行われる印象があります。

6.国税局のハイレベルな調査への対応は、相続専門の税理士へご相談を

国税局資料調査課が行うハイレベルな調査は、基本に忠実かつ綿密に証拠を収集し、外堀を埋め、課税に結び付けることを最終目標として行われます。

調査対象は、被相続人のみならず、相続人や関係法人等に及びます。そのため、ハイレベルな調査に対応するためには、相続税の申告書作成段階から相続人や関係法人等の協力を得て対策を講じておく必要があります。

税理士法人チェスターでは、すべての申告において税務調査軽減の目的で書面添付制度を導入、税務署の調査手法を参考にした事前検討を実施し、財産計上の必要性の有無等を判定、その結果を申告書に書面添付することで税務調査リスクの軽減を図っています。

相続税調査がご心配な方は、一度、税理士法人チェスターにご相談ください。

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