事業承継・M&A補助金とは？4つの申請枠・対象経費・補助限度額

事業承継・M&A補助金とは、中小企業や個人事業主の事業承継を円滑に進めるため、中小企業庁が設備資金や専門家費用を支援してくれる制度のことです。

令和6年に事業承継・引継ぎ補助金から名称変更され、現行制度は第三者承継（M&A）の支援が強化されています。

事業承継・M&A補助金には、事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠・廃業・再チャレンジ枠という4つの申請枠があります。

それぞれ対象経費・補助率・補助限度額・要件などが異なりますので、この記事で詳細を確認していきましょう。

1．事業承継・M&A補助金とは？概要をわかりやすく解説

事業承継・M&A補助金とは、中小企業や小規模事業者の事業承継やM&Aを円滑に進めるため、中小企業庁が設備資金や専門家費用を支援してくれる制度のことです。

引用：中小企業庁「事業承継・M&A補助金のチラシ（令和8年2月時点版）」

令和6年度から「事業承継・引継ぎ補助金」から「事業承継・M&A補助金」に名称変更され、対象が親族内承継・従業員承継・第三者承継（M&A）までと幅広くなりました。

最新情報は「事業承継M&A補助金」の公式サイトをご確認ください。

1-1．令和6年度に「事業承継・引継ぎ補助金」から名称変更された

令和6年度以降は、「事業承継・引継ぎ補助金」から「事業承継・M&A補助金」に名称変更されています。

基本的な制度構造（4つの申請枠）は同じですが、現行制度はM&A（第三者承継）への支援が強化されています。

旧制度は「親族内承継」が中心でしたが、現行制度は「M&A（第三者承継）」も本格的に支援する制度に進化しています。

ネット検索すると旧名称の「事業承継・引継ぎ補助金」がヒットすることがありますが、これは古い情報ですのでご注意ください。

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2．事業承継・M&A補助金には4つの申請枠がある

事業承継・M&A補助金は、「事業承継促進枠」「専門家活用枠」「PMI推進枠」「廃業・再チャレンジ枠」の4つの申請枠で構成されています。

まずは以下の一覧表で、ご自分がどの枠に該当するのかを確認してください。

最新の公募申請受付期間などの事業スケジュールは、コチラからご確認いただけます。

2-1．申請枠①事業承継促進枠（親子・親族内・従業員承継）

事業承継促進枠とは、親子承継・親族内承継・従業員承継（経営者交代型）を対象とした、事業承継・M&A補助金の主要な申請枠のことです。

工場の設備更新、老朽設備の入れ替え、店舗やバックオフィスのIT化など、事業の「引き継ぎ」と「成長」のために必要な投資を補助してくれます。

事業承継促進枠を利用するためには、公募申請の締め切り日から5年以内に、事業承継を実施することが必須条件です。

承継時期を明確にすればその計画性が評価され、採択にも良い影響を与えます。

2-2．申請枠②専門家活用枠（M&A）

専門家活用枠とは、第三者承継（M&A）を行う際に必要となる、専門家費用などを補助する申請枠のことです。

専門家活用枠には、買収のための専門家費用を補助する「買い手支援類型（Ⅰ型）」と、売却のための仲介・専門家費用を補助する「売り手支援類型（Ⅱ型）」の2種類があります。

令和8年からは「小規模売り手支援類型」が追加され、小規模事業者がM&Aを行う際の費用負担が大幅に軽減しています。

専門家活用枠は、買い手・売り手の双方が利用できる、最も実務的な申請枠です。

特にM&Aでは仲介手数料やDD費用が高額になりやすいため、補助金を活用することで数百万円規模のコスト削減が可能になります。

2-3．申請枠③PMI推進枠（M&A後の統合支援）

PMI推進枠とは、M&A後の経営統合プロセス（PMI：ポスト・マージャー・インテグレーション）を支援する申請枠のことです。

買収後のシステム統合・設備統合・業務改善など、M&A後の成長に必要な投資を補助します。

なお、PMI推進枠には「専門家活用類型」「事業統合投資類型」の2種類があり、M&A後の統合プロセスを段階的に支援してくれます。

PMI推進枠は、M&A後の成長フェーズを後押しする、実務的な申請枠といえるでしょう。

2-4．申請枠④廃業・再チャレンジ枠（併用申請が可能）

廃業・再チャレンジ枠とは、事業承継やM&Aに伴って発生する、廃業・事業整理にかかる費用を補助する申請枠のことです。

不採算部門の整理・事業の一部廃止・原状回復など、承継プロセスで避けられない廃業・事業整理コストを軽減できます。

廃業・再チャレンジ枠は、他の申請枠（①～③）と併用可能ですので、事業承継やM&Aの総コストを下げるために有効です。

3．事業承継・M&A補助金は個人事業主も使える

事業承継・M&A補助金は「法人でなければ使えないのでは？」と誤解されやすいですが、実際には個人事業主も①～④すべての申請枠を利用可能です。

事業承継・M&A補助金は事業規模によって補助率や補助金額が変動しますが、どうやって事業規模を判断するのでしょうか？

3-1．中小企業者の定義

中小企業の定義は、業種ごとにその基準が異なります。

なお、個人事業主には資本金の概念がないため、基本的には「従業員数」で判断することとなります。

3-2．小規模事業者の定義

小規模事業者の定義は以下の通りで、業種と従業員数で基準が異なります。

4．事業承継・M&A補助金の申請時の必要書類

事業承継・M&A補助金の申請時に提出する必要書類は、申請者が法人か個人事業主かによって種類が異なります。

どちらの場合であっても、「事業の実態」「承継の確実性」「投資の妥当性」を示す書類が求められますので、予め準備をしておきましょう。

この章では、申請者が法人である場合と個人事業主である場合における、必要書類の種類をわかりやすく整理していきます。

4-1．申請者が法人である場合

法人が事業承継・M&A補助金を申請する場合は、会社の実態・財務状況・承継計画を証明する書類が中心になります。

法人が申請者である場合、審査では「登記情報」と「決算書」の整合性が重視されます。

代表者変更や株式移転を伴う承継では、書類の整合性が採択率に影響するため、早めの準備が重要です。

4-2．申請者が個人事業主である場合

個人事業主が事業承継・M&A補助金を申請する場合は、法人登記がないため、開業届や確定申告書が「事業実態の証明書類」として扱われます。

また、設備や契約の名義変更が必要になるケースが多く、承継の実態を示す書類が特に重要です。

承継の関係性を示す書類とは、親族関係証明・雇用関係・M&A契約書などです。

また、設備や契約の名義変更が必要なケースが多いため、承継後の手続きも見据えて準備しておくとスムーズです。

5．事業承継・M&A補助金のメリットとデメリット

事業承継・M&A補助金は、事業承継やM&Aに伴う費用負担を大きく軽減できる制度です。

一方で、申請の手間や要件の厳しさもあるため、メリットとデメリットをよく理解することが重要です。

5-1．事業承継・M&A補助金のメリット

事業承継・M&A補助金には、事業承継をした後の成長投資を後押しする多くのメリットがあります。

特に、設備投資や専門家費用の負担が重い企業にとっては、制度は大きなメリットとなります。

これらのメリットにより、承継後の成長戦略をスムーズに進めたい企業にとって、補助金は非常に有効な選択肢となります。

5-2．事業承継・M&A補助金のデメリット

事業承継・M&A補助金には申請の手間や制約があるため、事前に理解しておかないと後で負担が大きくなる可能性があります。

書類作成や事務作業に慣れていない小規模事業者は、特に注意が必要です。

特に個人事業主の場合、開業届・確定申告書・名義変更など、追加で必要な手続きが発生します。

これらのデメリットを理解した上で、申請準備に十分な時間を確保することが成功への近道と言えるでしょう。

6．事業承継・M&A補助金の申請スケジュールと流れ

事業承継・M&A補助金の事前準備から事業終了までの流れは、以下の通りです。

引用：中小企業庁「事業承継・M&A補助金チラシ」

以下は15次公募の事業スケジュールですので、日程のタイミングなどの参考にしてください。

事業承継・M&A補助金は、年に複数回の公募機会があります。

過去実績では概ね年4～5回公募されているため、公募申請受付期間を逃さないよう、入念に計画を立てましょう。

なお、事業スケジュールは公募ごとに変更される可能性があるため、必ず公式サイトの最新情報を確認してください。

6-1．申請から補助金受給までの全体フロー

事業承継・M&A補助金は、申請から補助金受給まで以下の流れで進みます。

申請は jGrants（電子申請）限定で行われるため、申請前にGビズIDを取得しなくてはなりません。取得には2～3週間かかるため、早めの準備が必須です。

また、④交付決定前に発注した経費は補助対象外です。これを知らずに発注してしまうと、補助金を受け取れませんのでご注意ください。

なお補助金は後払い方式ですので、一時的に自己資金が必要となります。

6-2．採択率を高める事業計画書のポイント

事業承継・M&A補助金の採択率は100％ではありません。

直近3回の採択率は約60％前後で推移していますが、言い換えると40％は落選しています。

申請すれば絶対に採択される制度ではありませんので、事業計画書の内容と加点項目の取得が採否を分ける重要なポイントとなります。

7．事業承継・M&A補助金と事業承継税制の違い

事業承継に関する支援制度は、大きく分けて「事業承継・M&A補助金」と「事業承継税制」の2種類があります。

事業承継税制とは、中小企業の株式や事業用資産を、相続または贈与で取得する際の相続税や贈与税の納税を猶予する特例のことです。

事業承継・M&A補助金は「支出を削減」する制度、事業承継税制は「税負担を軽減」する制度ですので、そもそもの目的に違いがあります。

事業承継に係る2つの制度を混同しないようご注意ください。

参考：事業承継税制とは│要件や期限、メリット・デメリットを解説

7-1．補助金×事業承継税制の組み合わせで節税効果を最大化

事業承継・M&A補助金と事業承継税制は目的が異なるため、併用することで効果が最大化します（いずれの事業承継でも併用OK）。

設備投資は補助金で、株式移転は税制で負担を抑えれば、承継時の資金負担を二重で軽減できます。

結果として後継者の資金繰りが安定し、承継後の成長投資も進めやすくなります。

事業承継・M&A補助金の採択と事業承継税制の併用で承継計画の信頼性を高められれば、銀行からの融資も受けやすくなります。

参考：【事業承継】驚くほど高額な相続税で経営危機に？大切な会社を次世代に残す方法とは

8．都道府県・市区町村独自の支援制度も見逃せない

中小企業庁が所管・運営している事業承継・M&A補助金とは別に、自治体独自の支援制度もあります。

この章では、代表的な都道府県施策をご紹介しますが、実際には他にも沢山の補助金があります。必ず都道府県や商工会議所等の窓口で確認をしてください。

なお、国の補助金と自治体補助金の併用可否については、制度ごとに取り扱いが異なるため、専門家に相談されることをおすすめします。

8-1．東京都の事業承継支援助成金

東京都中小企業振興公社の「事業承継支援助成金」は、事業承継に係る自社株式の評価やセルフ・デューデリジェンス、中核人材確保や育成等の外部専門家等への委託費用の一部を助成してくれる制度のことです。

助成対象の事業は以下の4種類あり、それぞれ申請要件が異なります。

それぞれの区分において、事業承継や経営改善に必要な委託費が対象経費です。

助成率は「助成対象と認められる経費の2/3以内」、助成限度額は「200万円（申請下限額20万円）」とされています。

参考：東京都中小企業振興公社ホームページ「令和8年度 事業承継支援助成金」

8-2．神奈川県の事業承継補助金

神奈川県事業承継補助金とは、事業継続に課題を抱える中小企業の事業承継を促進し、経営資源や雇用の喪失を防ぐことを目的としている制度のことです。

中小企業支援法第2条第1項第1号から第3号までに規定する中小企業者が対象で、以下の支援枠があります。

親族承継枠の補助率は「補助対象経費の1/2以内（小規模事業者2/3）」で、補助上限額は「20万円」です。

第三者承継枠の補助率は「補助対象経費の1/2以内（小規模事業者2/3）」で、補助上限額は「100万円」とされています（買い手支援・売り手支援共に）。

参考：神奈川県公式ホームページ「神奈川県事業承継補助金（令和7年度実施分）について」

8-3．兵庫県の事業継続支援事業

兵庫県の事業継続支援事業は、中小企業のノウハウや技術を次世代に受け継いでさらなる地域活性化を図るため、事業承継時にかかる経費を補助してくれる制度のことです。

対象者は「県内の商工会・商工会議所の指導」を受け、事業承継計画を策定した者のうち、以下の要件を満たす県内の中小企業者（個人事業主も含む）とされています。

経費区分・補助率・補助金額は以下の通りです。

※第三者承継のみ

参考：兵庫県公式ホームページ「事業継続支援事業（令和8年度募集）」

9．事業承継・M&A補助金の申請は税理士にご相談を

事業承継・M&A補助金は非常に魅力的な制度ですが、採択率は100％ではありません。

事業計画書の完成度や承継の確実性など、審査で見られるポイントが多く、専門家のサポートがあるかどうかで結果が大きく変わるケースもあります。

また、事業承継税制は要件が複雑で、適用の可否を誤ると後から多額の税負担が発生するリスクがあります。

特に株価評価・贈与時期・承継計画の作成など、専門的な判断が必要な場面が多く、自己判断だけで進めるのは危険です。

誤った申請をして不採択になると半年～1年の時間ロスが発生しますし、税制適用を誤ると数百万円単位の税負担が生じる可能性もあります。

事業承継において2つの制度を正しく活用するには、専門家のサポートが不可欠です。

9-1．相続専門のチェスターグループにご相談ください

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