【事業承継税制のデメリット】問題点や活用すべきケースを解説

事業承継税制を活用する際には、デメリットについても知っておく必要があります。

具体的にどのようなデメリットがあるのでしょうか？要件を満たさなくなると起きる事態や、事業承継税制以外に活用できる方法をチェックしましょう。

1．事業承継税制の活用にメリットはある？

事業承継にかかる贈与税や相続税の納税が猶予される点は、事業承継税制のメリットです。制度を活用している事業者は、どのくらいいるのでしょうか？

事業承継税制の特徴を確認します。

1-1．事業承継税制では納税が猶予される

贈与税や相続税の納税が猶予される事業承継税制には、『法人版事業承継税制』と『個人版事業承継税制』の2種類があります。都道府県知事から経営承継円滑化法の認定を受け、要件を満たすことで適用を受けられる仕組みです。

事業承継税制は、中小企業の事業承継を促進する目的で設けられました。中小企業の事業承継時には、後継者が先代経営者から株式や事業用資産を引き継ぎます。

このとき贈与税や相続税を一括納付しなければならず、多額の納税資金が必要です。十分な資金を用意できないために廃業する、というケースを減らす目的で設けられた制度です。

参考：事業承継税制とは│納税猶予の要件や手続きをわかりやすく解説

1-1-1．利用者はどれくらい？

2018年（平成30年）の税制改正で拡充が行われてから、2022年度までに申請された特例承継計画の件数は14,540件でした。

参考：経済産業省　令和6年度税制改正要望事項（法人版及び個人版事業承継税制の見直し及び延長）

また東京都での特例承継計画の確認件数や、事業承継税制の認定件数は以下のとおりです。

参考：事業承継税制の認定｜東京都産業労働局

1-1-2．制度開始当時よりは使いやすくなった

事業承継税制は2018年（平成30年）の税制改正によって、制度内容が大きく変わりました。10年間の特例措置が設けられた結果、以前より活用しやすい制度になっています。2018年以前からある制度（一般措置）と区別するため、『新事業承継税制（特例措置）』と呼ばれる場合もあります。

新事業承継税制（特例措置）では適用要件が緩和されました。これまでは制度を活用すると、承継後5年間は平均8割以上の雇用を維持しなければいけないという雇用確保要件が設けられていましたが、新事業承継税制（特例措置）では実質的に撤廃されています。

また2019年4月からは提出書類の見直しも行われ、よりシンプルな手続きで利用可能です。加えて納税猶予の対象も拡大しています。従来の事業承継税制（一般措置）では発行済株式の最大2/3が猶予の対象ですが、新事業承継税制（特例措置）では100％に対して納税猶予を受けられます。

参考：平成３０年度税制改正・事業承継税制の特例措置のポイント

2．事業承継税制を使う際の注意点

利用しやすくなった事業承継税制ですが、それでも利用しない事業者がいるのは、何かしらのデメリットがあるからと考えられるでしょう。

利用する前に注意点を把握しておくと、制度の利用が自社に向いているか判断しやすいはずです。

2-1．贈与税・相続税が免除になるタイミング

贈与税や相続税の納税猶予を受けられる事業承継税制は、後継者（2代目）が死亡すると猶予されていた税金がゼロになり免除されます。また次の後継者（3代目）への世代交代も、納税免除のタイミングです。

次の後継者（3代目）へのバトンタッチによって税の免除を受ける場合、贈与と相続では条件が異なります。納税猶予を受けている後継者（2代目）が次の後継者（3代目）へ贈与により事業承継するときには、次の後継者（3代目）も事業承継税制を使用しなければ、後継者（2代目）が受けていた納税猶予額は免除になりません。

一方、後継者（2代目）が死亡し、相続による次の後継者（3代目）への事業承継なら、次の後継者（3代目）が事業承継税制を使わなくても、後継者（2代目）が受けていた納税猶予額は全額免除の対象です。

ただし、後継者（2代目）が保有していた自社株が相続税の対象となり、事業を引き継ぐ次の後継者（3代目）が相続税の納税猶予を受けるには、事業承継税制の利用が必要です。

2-2．特例措置は期間限定

特例措置が制定され、事業承継税制は利用しやすくなりました。しかし特例措置を利用できるのは『2027年12月31日』までに行われた贈与や相続です。この期間を過ぎると適用は受けられません。

また特例措置の事業承継税制を利用する場合、都道府県知事に『2026年3月31日』までに『特例承継計画』を提出する必要があります。贈与や相続が期間内であっても、特例承継計画の提出が行われていなければ適用を受けられませんので、この点、注意を要します。

現経営者から後継者への事業承継時に特例措置の適用を受けられたとしても、さらに次の代への引き継ぎ時には、すでに特例措置の期間が終了している可能性が高いでしょう。次の事業承継のことも考慮し、制度の利用を検討する必要があります。

2-3．担保の提供が必要

贈与税や相続税の納税猶予を受ける事業承継税制を利用する際には、担保を提供しなければいけません。担保にできる資産は以下のとおりです。

また担保として提供する財産は、納税猶予の税額や猶予期間中の利子税の合計額と同等でなければいけません。ただし特例非上場株式のすべてを提供すると、非上場株式等についての納税猶予については、必要な担保が提供されたものとみなされます。

2-4．取消事由が存在する

一度事業承継税制が適用されたとしても、取消事由に該当すると納税猶予は取り消されてしまいます。取消事由は制度の適用を受けてから5年間と、5年経過後で異なる点に注意しましょう。

最初の5年間の方が取消事由の要件が厳しく定められています。5年経過後は要件が緩和されますが、定められた要件を満たし続ける必要があります。

3．取消になるのはどのようなケース？

制度の適用が取り消される事由は複数あります。具体的にどのようなものがあるのでしょうか？代表的な取消事由を確認しましょう。

3-1．経営承継期間中の後継者の退任

贈与税や相続税の猶予を受け続けるために、後継者は制度の適用後（申告期限後）5年間の経営承継期間中は、継続して社長（代表権を有する役員）でいなければいけません。経営承継期間中に後継者が退任すると、納税猶予が打ち切られてしまいます。

ただし以下に挙げるような、やむを得ない事情がある場合には取消事由とはされません。

後継者の退任が納税猶予の適用を受けてから5年経過後であれば、納税猶予は打ち切りにならず続きます。

3-2．年次報告書を提出しなかった

事業承継税制は、適用を受けた後も書類を提出し続けなければいけません。継続要件が正しく維持されていることを知らせるために、都道府県知事へ提出する『年次報告書』がその一つです。

法人版事業承継税制を利用し納税猶予を受けている場合、適用を受けてから5年間は毎年提出します。この書類の提出がないと制度の適用が取り消されるため、期限内に忘れずに提出する必要があります。

3-3．継続届出書を提出しなかった

適用を取り消されないためには、税務署に『継続届出書』の提出も必要です。法人版事業承継税制の場合、提出する頻度は、原則5年の経営承継期間内か否かにより異なります。

提出漏れが発生すると、事業承継税制の適用は打ち切りです。特に3年ごとの提出は忘れやすいため注意しましょう。

3-4．株式の売却

M&Aを含め株式の売却も、適用の取消事由にあたります。そのため事業承継税制の納税猶予を受け続けるには、M&Aなどの株式の売却が伴う手続きを行えません。万が一株式を売却すると納税猶予は取り消しです。

事業承継税制による納税猶予は、会社経営の自由度と引き換えに受けられるメリットといえるでしょう。近い将来M&Aを予定しているなら、利用しない方がよいかもしれません。

その他にも、合併・会社分割等の組織再編など、納税猶予の取消事由は多数ありますので、注意が必要です。詳しくは専門家に確認されることをおすすめします。

4．取消事由に該当するとどうなる？

上記の取消事由に該当すると、納税猶予が取り消されます。取り消しによりどのような事態が発生するのでしょうか？納税猶予が受けられなくなることで起こることを紹介します。

4-1．贈与税・相続税の納税義務が発生

取消事由に該当すると納税猶予が取り消され、猶予されていた税金を納めなければいけません。贈与により事業承継した場合には贈与税を納めます。

計算式『（受け取った財産 ? 基礎控除110万円）×贈与税率 ? 控除額＝贈与税額』で算出した税額です。引き継いだ財産が多いほど税率が高くなり、最大で55％の税率が適用されます。

参考：親子でも贈与税はかかる？代表的な課税・非課税のケースや注意点を解説

相続で事業を引き継いだなら、納めるのは相続税です。課税価格の合計額から『3,000万円+600万円×法定相続人の数』で計算した基礎控除額を差し引き、課税遺産総額を算出します。

その上で法定相続人が法定相続分どおりに相続したと仮定し、各人の相続税額を計算します。全員分の相続税額を足し合わせ、実際に引き継いだ財産の割合で税額を割り振り、適用される各種控除を考慮し、納税する相続税額が計算されます。

参考：相続税の計算方法を解説【シミュレーションソフト付き】

4-2．利子税が発生するリスクも

制度の適用が取り消されると、猶予されていた税金とともに『利子税』も納めなければいけません。5年間の経営承継期間中に取り消された場合、期間分の利子税がかかります。

一方、取消事由の発生が5年間の経営承継期間経過後であれば、経営承継期間中の利子税はかかりません。ただし経営承継期間経過後の期間に対する利子税は、納付が必要です。

5．制度に精通した税理士のサポートが重要

申請時はもちろん、適用が認められた後も満たし続けなければいけない要件が多い事業承継税制は、自社のみですべての手続きを行うのは難しいでしょう。制度を適切に利用するには、事業承継税制に精通した税理士のサポートがポイントです。

5-1．制度の理解、手続きのサポートを受けられる

納税猶予を魅力に感じ事業承継税制を利用したいと思っても、複雑な制度のため、すべての要件を正確に把握するだけでも難しいでしょう。理解が不十分なままでは、申請しても適用を受けられなかったり、納税猶予が取り消しになったりする可能性もあります。

事業承継税制に詳しい税理士に依頼すれば、制度について理解しきれない部分や手続き面でのサポートを受けながら、スムーズに申請や適用後の必要書類の提出を実施可能です。

相談することで事業承継税制ではなく、他の制度による事業承継対策が有効と判明するかもしれません。事業承継税制について相談するなら、事業承継の幅広い実績を持つ『株式会社チェスターコンサルティング』へご相談ください。

事業承継コンサルティングなら株式会社チェスターコンサルティング

5-2．継続的な報酬の支払いが発生する

事業承継税制を利用するために税理士に依頼すると、継続的に報酬を支払い続けなければいけません。特例承継計画や認定申請書の作成はもちろん、適用を受けた後の年次報告書・継続届出書の作成も税理士に依頼します。

そのため最初の5年間は毎年、5年経過以降は3年おきに、必ず書類作成の費用がかかります。また要件を適切に満たしているか、取消事由が発生していないかなどの確認も依頼すると、さらにその費用も必要です。

『認定申請書：180～300万円』『年次報告書・継続届出書：30～50万円』という書類作成にかかる費用を確認すると、税理士費用の総額は大きな金額になりやすいと分かります。

参考：事業承継における税理士の役割は？相続やM&Aに精通した税理士を選ぶ理由

6．事業承継税制の複雑な要件の例

複雑な要件が複数設定されている事業承継税制では、要件を把握するだけでも大変です。法人版事業承継税制について、数ある中から代表的な要件を紹介します。

6-1．特例承継計画の提出

事業承継税制の特例措置の適用を受けるには、必ず『特例承継計画』を都道府県に提出しなければいけません。特例承継計画に記載する内容は以下のとおりです。

また特例承継計画の提出は、2026年3月31日までと期限が決まっています。

6-2．会社の要件

制度を活用するなら、以下に挙げる会社の要件を満たしていなければいけません。

例えば中小企業であっても、資産保有型会社・資産運用型会社の要件を満たしていなければ、事業承継税制は利用できません。

6-3．後継者の要件

会社を引き継ぐ後継者の要件は、事業承継が贈与によるものか相続によるものかにより異なります。それぞれの要件は以下のとおりです。

6-4．先代経営者の要件

先代経営者が満たしておくべき要件も、以下のように存在します。

これまで経営者として会社に携わっていたなら、満たしているケースがほとんどでしょう。

参考：事業承継税制で先代経営者以外からの贈与が対象に。要件や順番が重要

7．事業承継税制は使うべきか否か

事業承継を行うにあたり、贈与税や相続税の負担は大きなものです。だからといって、必ず事業承継税制を利用した方がよいというわけではありません。状況によっては他の方法を選ぶことや、他の制度と併用することも検討しましょう。

7-1．税額が小さければ他の方法も検討

贈与税や相続税の金額がそれほど大きくなく、納税のための資金も確保できるなら、事業承継税制を敢えて使う必要はありません。例えば税額が1,000万円ほどで資金に余裕があれば、納税猶予のための申請やその後の書類作成を費用をかけて続けるより、納税した方が簡便に済みます。

納税猶予の取り消しにより利子税を納付するリスクも避けられます。かかる手間と負うリスクを考慮して判断するのがよいでしょう。

7-2．制度を使う場合は贈与と相続どちらがよい？

事業承継税制を利用するなら、贈与税の納税猶予を選ぶ方が、準備のしやすさでメリットが大きいでしょう。先代経営者の生前に事業承継できるため、後継者はサポートを受けながら成長しやすいからです。

後継者の成長が期待できる環境が整っているため、取引先や金融機関・社内からの信頼も得やすいでしょう。また後継者にとっては、努力の結果である株価の上昇が自分の財産になる点もメリットです。

親族内では生前に株式を贈与することで、相続時のトラブルを避けやすくなります。ただし、贈与の後に先代経営者が亡くなると、贈与された株式が相続されたものとみなして相続税の対象とされる点は要注意です。

相続の発生により、猶予されていた贈与税は納税免除となり、相続税の納税が必要となります。このとき、相続税の納税猶予の要件を満たしていれば、都道府県知事の確認手続きによって相続税の猶予へ切り替えることもできます。

7-3．相続時精算課税制度との併用も検討する

『相続時精算課税制度』との併用も検討するとよいでしょう。相続時精算課税制度とは、60歳以上の父母・祖父母から18歳以上の子ども・孫への贈与において選べる贈与税の制度です。

贈与額2,500万円までは贈与税が非課税とされ、超える部分に対する税率は一律20％です。ただし、その後の相続が発生した際に、相続税の対象とされます。また、2024年1月1日からの贈与について110万円の基礎控除が設けられました。

事業承継税制と併用すれば、取消事由が発生し納税が必要になった場合でも、贈与税や利子税の負担を減らせます。万が一のことも考えた上で利用を検討しましょう。

参考：相続時精算課税制度とは何か？メリットやデメリットも全て解説！

8．制度活用以外に事業承継で考えること

納税対策のために事業承継税制を利用することのほかにも、事業承継対策はあります。より良い事業承継を目指すなら、複数の方法を比較した上で自社に合うものを選ぶとよいでしょう。

8-1．自社株の評価額を引き下げ暦年贈与する

後継者が負担する税金を減らすには、株式評価額を下げる自社株対策も有効です。例えば法人保険の生命保険を利用した役員退職金の支給や、収益性の高い事業の別会社化を行えば、自社株の評価額を下げられます。

その上で、暦年贈与の年間110万円の基礎控除を利用し株式を贈与すれば、税金の負担を抑えられるでしょう。ただし暦年贈与制度のあり方は、今後の税制改正により見直される可能性があります。

参考：事業承継で知っておきたい税金対策。贈与、相続、売買におけるやり方

8-1-1．事業承継税制を利用する場合も重要

自社株対策は、事業承継税制を利用する場合にも重要です。事業承継税制の適用時までに株式評価額を低く抑えておければ、万が一、納税猶予を取り消された際の負担を小さく抑えられます。また贈与をした先代経営者の相続時に、相続人が負担する相続税の減少にもつながります。

事業承継税制を利用すると、納税猶予は受けられますが、株価の引き下げ効果はありません。株価の引き下げについては、別途対策をしておく必要があります。

8-2．適した後継者がいないならM&Aも視野に

後継者として適した人物が親族内や社内にいない場合、第三者へのM&Aも視野に入れるとよいでしょう。創業を考えている起業家や事業拡大を計画中の会社など、M&Aなら承継先の範囲が広がります。

自社の持つノウハウや技術とのシナジー効果を期待できる企業へ売却できれば、会社の事業がより大きく成長していく可能性も見込めます。先代経営者にとっては対価を得られるのも、M&Aのメリットです。

参考：後継者不足を理由に廃業はもったいない。M&A検討で可能性は広がる

9．事業承継対策は早めに専門の税理士へ相談

納税猶予を受けられる事業承継税制を利用しても、取消事由に該当すると納税猶予を取り消されてしまいます。その場合には利子税の負担が発生する点もリスクです。

そこで自社株対策による株価の引き下げや、相続時精算課税制度の利用も検討しましょう。税額が小さければ、事業承継税制を利用しなくても納付が可能になるかもしれません。また事業承継税制を利用する場合でも、万が一の際の負担を減らせます。

負担を抑えつつスムーズに事業承継を行うには、事業承継の実績が豊富な税理士に依頼するとよいでしょう。株式会社チェスターコンサルティングでは、実務経験豊富な専任税理士が、お客様にとって最適な方法をご提案いたします。

事業承継コンサルティングなら株式会社チェスターコンサルティング

事業承継税制について解説している以下の記事も、ぜひご覧ください。

自社株式の贈与税・相続税の納税が猶予される事業承継税制の特例を徹底解説｜税理士法人チェスター

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